La prima sede provvisoria dell'Istituto era situata nei locali della biblioteca comunale di Isernia, presso il complesso monumentale di “S. Maria delle Monache”. Lì furono trasferiti i primi fondi archivistici dall’Archivio di Stato di Campobasso nel giugno 1972, relativi al territorio provinciale.
Negli anni a seguire l’Istituto trasferì la propria sede prima a palazzo Giannetti in c.so Risorgimento e, dopo qualche anno, a palazzo Gamberale in via L. Testa a causa dell’ampliamento del numero dei dipendenti alla fine degli anni settanta. Nel 1997 l’esigenza di collocare i depositi e i vari servizi amministrativi e tecno-scientifici in locali più grandi portò all’individuazione della sede attuale in c.so Risorgimento, palazzo ex-INPDAP.
